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Arrêts de travail : la fin de l’indemnisation des périodes non prescrites entre deux arrêts

Depuis le 1er septembre 2024, la Caisse nationale d’Assurance Maladie (CNAM) a modifié sa doctrine concernant l’indemnisation des périodes non couvertes entre deux arrêts de travail. Jusqu’alors, une prolongation d’arrêt de travail, même prescrite après un court laps de temps, permettait dans certains cas de couvrir rétroactivement les jours non travaillés. Ce n’est désormais plus le cas.


Cette évolution a d’abord été appliquée par certaines CPAM avant d’être officialisée sur le site internet de la CNAM le 6 janvier 2025.


Un changement qui impacte l’indemnisation des salariés


Désormais, si un salarié ne consulte son médecin que quelques jours après la fin d’un arrêt de travail pour en obtenir la prolongation, les jours d’interruption non couverts par un arrêt médical ne seront plus indemnisés par l’Assurance Maladie.


Exemple :

  • Un salarié dont l’arrêt de travail s’achève un vendredi et qui consulte son médecin le lundi suivant pour une prolongation ne sera plus indemnisé pour le samedi et le dimanche.

  • Avant le 1er septembre 2024, ces jours pouvaient être pris en charge sous certaines conditions.


Mise en œuvre progressive par les CPAM

Depuis l’application de cette réforme :

  • Les interruptions de moins de 48 heures (week-end ou jour férié inclus) ne sont plus indemnisées, mais la prolongation de l’arrêt n’est pas soumise au délai de carence.

  • Les interruptions de 72 heures ou plus ne sont plus indemnisées, et la prolongation est soumise à un nouveau délai de carence de 3 jours.


En clair, toute interruption de 48 heures ou plus, y compris en semaine, entraîne non seulement la suppression de l’indemnisation des jours non prescrits, mais peut aussi réinitialiser le délai de carence, retardant ainsi la reprise de l’indemnisation par la Sécurité sociale.


Exception pour les affections de longue durée (ALD)

Pour les assurés bénéficiant d’une reconnaissance en affection de longue durée (ALD), cette nouvelle règle ne s’applique qu’au premier arrêt de travail en lien avec cette maladie.


Le délai de carence n’est retenu qu’une seule fois sur une période de trois ans pour une ALD donnée, ce qui signifie que les arrêts de travail ultérieurs pour la même maladie ne subiront pas de nouveau délai de carence.


Un changement de doctrine progressivement officialisé

Cette évolution a été discrètement annoncée par certaines CPAM à partir de septembre 2024. Une mise à jour du site net-entreprises en date du 12 décembre 2024 mentionnait une clarification à venir de la part de la CNAM. Toutefois, cette actualité a été retirée peu après.


C’est finalement le 6 janvier 2025 que l’Assurance Maladie a confirmé cette modification sur son site officiel, dans la fiche détaillant les conditions d’indemnisation des indemnités journalières maladie.


Un alignement avec les autres régimes d’indemnisation

L’Assurance Maladie rappelle que cette règle était déjà en vigueur pour :

  • Les arrêts de travail liés aux accidents du travail ou aux maladies professionnelles.

  • Les travailleurs indépendants, praticiens et auxiliaires médicaux, qui ne bénéficiaient déjà pas de cette tolérance.


Désormais, les salariés sont soumis aux mêmes règles, mettant ainsi fin à une forme d’exception qui leur permettait jusqu’ici de bénéficier d’une indemnisation même en cas d’interruption de leur arrêt de travail.



Conclusion

Depuis le 1er septembre 2024, les périodes non prescrites entre deux arrêts de travail ne sont plus indemnisées par l’Assurance Maladie. Cette réforme, qui a d’abord été mise en place par certaines CPAM, a été officiellement confirmée par la CNAM en janvier 2025.


Les conséquences principales pour les salariés sont les suivantes :

  • Toute période d’interruption entre deux arrêts, même de 48 heures, n’est plus prise en charge.

  • Pour une interruption de 72 heures ou plus, un nouveau délai de carence de 3 jours s’applique.

  • Les bénéficiaires d’une ALD sont moins concernés par cette réforme, le délai de carence ne s’appliquant qu’une seule fois sur une période de trois ans.


Les employeurs et salariés doivent donc être particulièrement attentifs à ces nouvelles règles afin d’anticiper les conséquences financières d’un arrêt de travail interrompu par quelques jours non couverts par une prescription médicale.

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